前面提到網(wǎng)站結構優(yōu)化要解決的最重要的問題包括收錄及頁面權重分配。在理想情況下，經(jīng)典樹形結構應該是比較好的鏈接及權重分配模式。但是由于不同網(wǎng)站采取技術不同，要實現(xiàn)的功能、網(wǎng)站目標、重要解決的營銷問題都很可能不同，某些看似是樹形結構的網(wǎng)站，仔細研究起來其實奇形怪狀。每個網(wǎng)站都有自己特殊的問題需要解決，沒有可以適用于所有網(wǎng)站的結構優(yōu)化秘訣，必須具體問題具體分析。
1.重點內容
  首先考慮一個最簡單最常見的問題。一般來首，網(wǎng)站首頁獲得的內外部鏈接最多，權重最高。首頁鏈接到一級分類頁面，這些一級分類頁面權重僅次于首頁。大部分網(wǎng)站有多層分類，權重一次下降，權重最低的是最終的產(chǎn)品頁面。
2.非必要頁面
每個網(wǎng)站都有一些在功能及用戶提樣方面很必要、但在SEO角度沒必要的頁面，比如隱私權策略、用戶登陸頁面、用戶注冊頁面。從用戶角度看，這些頁面時必須的功能或有助于提高網(wǎng)站信任度。不過搜索引擎既不能填表，也不登陸，這些頁面既沒有必要也不太可能獲得任何排名。
 3.大二級分類
     典型樹形結構首頁鏈接到一級分類，一級分類再列出二級分類，這樣，只要二級分類數(shù)目不要相差太大，權重值在二級分類頁面上是大致平均分配的。不過有些時候某些二級分類下的產(chǎn)品數(shù)遠遠多一些其他小一些的二級分類，甚至產(chǎn)品太多的二級分類下還可能再列三級分類。平均分配權重的結果就是，小分類充分收錄，產(chǎn)品數(shù)量大的分類有很多產(chǎn)品頁面因為權重稀釋無法收錄。
  4.翻頁過多
     稍大型的商務或信息類網(wǎng)站都可能會在產(chǎn)品列表。也就是最末一級的分類頁面上，存在翻頁過多的問題。通常產(chǎn)品列表會顯示10個或20個產(chǎn)品，然后列出翻頁鏈接，除了“上一頁”和“下一頁”，網(wǎng)站可能列出5個、10個翻頁鏈接。用戶點擊頁面10，第10頁上又會列出10~19的翻頁。
5.單一入口還是多入口
 一般來說，網(wǎng)站首頁和分類頁面收錄不會有上面問題，除非主導航系統(tǒng)有嚴重蜘蛛陷阱，或者網(wǎng)站已經(jīng)被處罰。大部分網(wǎng)站在結構方面面對挑戰(zhàn)，是使更多最終產(chǎn)品頁面被收錄。就算盡量吧網(wǎng)站結構扁平化，當產(chǎn)品數(shù)量巨大時，實際上已經(jīng)不太可能足夠扁平。在這種情況下，要讓最終產(chǎn)品頁面被收錄。有兩個策略：一是多入口，而是單一入口。在選擇上學喲啊謹慎。
6.相關產(chǎn)品鏈接
無論單一入口還是多入口結構，對最終產(chǎn)品頁面來說都有一個缺陷，那就是太過規(guī)則。有時候回造成某個部分的產(chǎn)品頁面不能被收錄。單一入口的結構更明顯。比如如果某個分類頁面因為導航設計不合理，離首頁太遠沒有被收錄，這個分類下的所有產(chǎn)品就都無法被收錄。再比如博客系統(tǒng)中，發(fā)表比較早的帖子，無論從哪個入口渠道來看，都會被推到網(wǎng)站更深層，離首頁比較遠。，老帖子雖然一般沒有收錄問題（早被收錄了），但權重卻隨時間的推移而下降。
7.錨文字分布及變化
前面提到過，合理的網(wǎng)站結構是在網(wǎng)站中分配錨文字的重要方法之一。最常見靈活的是在頁面正文中或人工或自動加上其他頁面的內部鏈接，鏈接錨文字可以有各種選擇。這方面的應用學習目標非維基百科莫屬。